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メモ|SCOP

SCOP:Structural Classification of Proteins

現在のバージョンは1.73(2007年11月公開)です。

34494件のPDBエントリー、1つの文献参照、97178件のドメイン(核酸モデルと理論モデルをのぞく)が登録されています。 折りたたみ(fold)、スーパーファミリー(superfamily)、ファミリーの統計情報は以下の通りです。

SCOP分類の統計情報(バージョン1.73)
クラス
(Class)
折りたたみ数
(Number of folds)
スーパーファミリー数
(Number of superfamilies)
ファミリー数
(Number of families)
α構造のみの蛋白質 259 459 772
β構造のみの蛋白質 165 331 679
(α/β)構造の蛋白質 141 232 736
(α+β)構造の蛋白質 334 488 897
複合(マルチ)ドメイン蛋白質 53 53 74
膜・細胞表面蛋白質 50 92 104
小蛋白質 85 122 202
合計 1086 1777 3464

新規fold、superfamily、family、廃止エントリーとその置き換え先も公開しています。

著者:
Alexey G. Murzin, John-Marc Chandonia, Antonina Andreeva, Dave Howorth, Loredana Lo Conte, Bartlett G. Ailey, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, and Cyrus Chothia.
参照:
Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C. (1995). SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. J. Mol. Biol. 247, 536-540.
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